在经济利益的驱使下，当前我国有机产品认证及有机产品产业存在的问题也日益凸显
随着有机产品价值的显现，在经济利益的驱使下，当前我国有机产业存在的问题也日益凸显，主要表现在：

一是有机产品假冒成本低，消费者识别困难。目前，作为有机产品身份识别重要依据的有机产品标志防伪、追溯性差，加施数量及对象难于控制，致使假冒有机产品成本低，而消费者又难以辨别真伪。
二是部分有机产品生产者诚信水平有待提高。近年来，随着公众对食品安全重视程度的提升，有机产品成为部分人群消费热点和一些企业经济效益增长的重要途径。但有些企业仅将获得认证作为市场营销的手段，忽视了应当持续符合认证要求的责任。一些企业存在夸大或虚假宣传的行为，将“有机”作为营销噱头，进行不实的宣传推销。
三是认证公信力有待提高。部分认证机构为了开拓认证业务，未能严格执行国家标准，部分存在认证行为不规范、认证后监督检查不到位、信息不对称、不通报、程序不透明等情况。随着有机认证种类的增加和技术要求的日益发展，部分认证机构还存在从业能力和农业专业知识背景等方面的相对缺乏，造成认证质量存在差异，认证机构专业技术水平有待于继续提高。
四是市场销售有待拓展和规范。一方面，因有机产品地处偏远山区、交通不便造成销售渠道不畅，急需引起商务、农业等部门的关注。另一方面，部分销售供应商经营行为不规范。存在未严格按标准要求采购把关，违反有机产品专区专柜销售、不得二次分装、不得擅自加贴有机产品标志等规定的行为，市场上存在假冒有机产品的现象。
五是监管合力有待进一步形成。加强有机产业监管是个系统工程。有机产品生产涉及到了种植、收获、运输、加工和销售等多个环节，而我国食品安全监管实施的是不同的政府部门对不同环节进行管理，实现“多头分管”的通常会造成多头难管。目前农业、环境、质监、工商、出入境检验检疫等各相关部门掌握的产地环境、农产品质量抽查、市场执法查处、进出口等相关信息数据未能实现共享，未能有效构筑一个从田间地头、生产加工、认证、流通销售等环节全过程的监管链条。
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